El 24 de febrero de 1918, Estonia declaró su independencia de la Unión Soviética e instaló un gobierno provisional. Al día siguiente, tropas alemanas ocuparon Tallín y el gobierno estonio fue obligado a exiliarse.
Tras la derrota de Alemania en la Primera Guerra Mundial, comenzó la Guerra de Liberación de Estonia. En febrero de 1919, los estonios derrotaron al Ejército Rojo y en noviembre de 1919 a tropas alemanas mercenarias y, otra vez, al Ejército Rojo. El 2 de febrero de 1920, por el Tratado de Tartu, la Unión Soviética reconoció la independencia de Estonia. Estonia, junto con Letonia y Lituania, ingresó en 1921 en la Sociedad de Naciones. Siguiendo el modelo suizo, la Constitución de Estonia instauró una democracia parlamentaria.
Los protocolos secretos del Pacto Soviético-Alemán, firmado en 1939 por los cancilleres Molotov y Ribbentrop, establecieron que Estonia y sus dos vecinos bálticos quedarían en la zona de influencia de la URSS. Al mismo tiempo, Tallín firmó un tratado de asistencia mutua con Moscú, que incluía la instalación de bases navales de la URSS en territorio estonio. Desde el fin de la Segunda Guerra Mundial hasta el año 1990 Estonia era parte de la Unión Soviética.

En las elecciones de mayo de 1990, el FPE y otros grupos nacionalistas conquistaron amplia mayoría del Parlamento. El líder nacionalista moderado Edgar Savisaar presidió el primer gobierno surgido de elecciones desde 1940. En agosto, el Parlamento proclamó la independencia de Estonia, pero Moscú no la consideró válida. En setiembre de 1991 la URSS reconoció la independencia de las tres repúblicas del Báltico y, ese mismo mes, fueron admitidas en el seno de la ONU.