Alrededor de 17.500 adC, los primeros hombres llegaron a lo que actualmente es territorio peruano, mucho tiempo después de que los primeros humanos, recolectores y cazadores procedentes del Asia, cruzaran el Estrecho de Bering. Esta fecha se basa en los restos de Paccaicasa, en la cueva de Piquimachay (Departamento de Ayacucho).

Se han encontrado vestigios del origen de la agricultura americana en la Cueva del Guitarrero en Yungay, Ancash de hace 12.600 años (10.600 AC), de poblaciones en La Libertad de doce mil años de edad y en Tacna de hace once mil años. Hacia el final de la última glaciación estos primeros pobladores comenzaron el lento proceso de domesticación de la biota local y consecuentemente a reunirse en tribus y aldeas.

A mediados del tercer milenio adC se instauraron las primeras ciudades-estado de régimen teocrático. La civilización de Caral fue coetánea de otras como las de China, Egipto, India y Mesopotamia; habiéndose convertido ya en aquella época en una ciudad estado, rodeada por otras civilizaciones enmarcadas aún en lo que se denomina "sociedad aldeana". Así, se trata de una de las zonas geográficas que pueden considerarse como cuna de la civilización del mundo por su antigüedad (al menos 5.000 años).

A finales de este período la Chavín prevaleció sobre las demás, hasta que decayó su influencia y se incentivó el desarrollo de Estados más amplios en la base de nuevas culturas locales como Mochica, Lima, Nazca, Wari y Tiwanaku. Estas dos últimas lograron absorber a las demás por un largo período.

Con la decadencia de Wari y Tiahuanaco hacia fines del siglo IX se reactivó la producción cultural regionalista (como Chimú) con el desarrollo de Estados con mayor territorialidad. De entre estos señoríos destaca el de los incas. En el siglo XV, el Imperio Inca anexó todos los pueblos andinos entre los ríos Maule y Ancasmayo, alcanzando un área cercana a los 3.000.000 km², hoy ubicada en los territorios de Colombia, Ecuador, Perú, Bolivia, Argentina y Chile. Su capital fue el Cusco, ubicada en la sierra peruana. Además de su poderío militar, destacaron en arquitectura, construyendo magníficas estructuras como la ciudadela de Machu Picchu.

El dominio español

A mediados del siglo XVI, las tropas encabezadas por Francisco Pizarro, con el apoyo de algunos pueblos gobernados por los incas, conquistaron este imperio para España. En 1542, se estableció el Virreinato del Perú, que en un inicio abarcó un territorio desde lo que hoy es Panamá hasta el extremo sur del continente. El imperio español significó para el Perú una profunda transformación social y económica. Se implantó un sistema mercantilista, sostenido por la minería de la plata, el monopolio comercial y la explotación de la mano de obra indígena.

A partir de fines del siglo XVI e inicios del XVII, el poder virreinal se vio lentamente socavado por el contrabando comercial y la insurgencia separatista, primeramente indígena (como la de Túpac Amaru II) y posteriormente también criolla. Sin embargo, en los últimos años estas fueron fuertemente reprimidas, por lo que ninguna logró su objetivo último.